认证申请组织其申请书需请军方用户签署推荐意见并盖章，同时填写《产品所在阶段情况调查表》。如该申请组织是部队，可由上级主管部门签字、盖章。对于民营企业申请军品时，需有军代表的推荐函/意见书，其内容至少包括：人员状况；技术、设备情况；产品质量状况；对配套企业，要注明产品与装备的关系(用在什么地方)；说明生产的产品与军方推荐单位的关系。
自90年代初期开始的军标认证，是依据国家军用标准的认证。其认证机构是由原国防科工委授权的中国军用电子元器件质量认证委员会，它独立于元器件的生产方和使用方，所以属于第三方认证。
除了原国防科工委授权的军用元器件质量认证机构外，军工行业也可授权具有认证能力的单位按标准或法规性文件，对元器件生产单位的质量保证能力进行考察，以及对其生产的产品进行鉴定或考核，合格者列入该军工行业合格产品目录。为了区别于由国家授权的质量认证，将军工行业授权的质量认证，称为质量认定，由于军工行业是元器件的用户，所以质量认定也可称为用户认证或第二方认证。
军工保密资格申请流程
1申请单位填写《申请书》后，同准备的其他的条件一起提交到上级主管部门或所在地的省、自治区、直辖市国防科技工业管理部门或地市级以上保密行政管理部门；
2经审核同意后，方可向有关审查认证机构提出正式申请；
3审核包括三方面内容:
4审核部门经审核后，对是否同意申请提出审核意见，加盖印章，并退送申请单位；
5申请单位将审核同意的《申请书》直接报送到有关军工保密资格认定办公室，正式提出申请。其中申请一级保密资格的单位直接将《申请书》报送到国家军工保密资格认定办公室，申请二级保密资格的单位直接将《申请书》报送到所在地省、自治区、直辖市军工保密资格认定办公室;
6受理机构收到申请单位《申请书》及相关材料后，首先对申请材料是否完备，是否符合规定的申请条件进行审查，在5个工作日内作出是否受理的决定;
7现场审核后，现场审查组组长向申请单位通报审查意见和结论;
8取得保密资格证书，并将有关审查材料报国家保密局、国家国防科技工业局和中央军委装备发展部备案，列入名录定期发布。
注: 现场审查结果分为“通过”、“不通过”或者“中止”。依据相应等级的保密资格标准及评分标准，满分为500分，达到450分(含)以上为现场审查通过，450分(不含)以下为现场审查不通过。审查中发现申请单位达不到《评分标准》所列基本项要求的，中止审查。未通过现场审查的单位，6个月内不受理再次申请。现场审查中止的，3个月内不重新进行现场审查。
武器装备科研生产单位保密资格证书分为正本和副本，正本和副本具有同等法律效力。证书样式由国家保密局会同国家国防科技工业局、中央军委装备发展部统一制定。