把保函与跟单信用证相比，当事人的权利和义务基本相同，所不同的是跟单信用证要求受益人提交的单据是包括运输单据在内的商业单据，而保函要求的单据实际上是受益人出具的关于委托人违约的声明或证明。这一区别，使两者适用范围有了很大的不同，保函可适用于各种经济交易中，为契约的一方向另一方提供担保。另外，如果委托人没有违约，保函的担保人就不必为承担赔偿责任而付款。而信用证的开证行则必须先行付款。
税款保付反担保函
是指对在银行开户的加工贸易企业，银行可为该企业出具以中国银行为受益人的反担保函。加工贸易企业在开展加工贸易业务中为免向海关缴纳税款保证金，需委托中国银行出具以海关为受益人的税款保付保函。
保函与备用信用证的类同之处
（一）定义上和法律当事人的基本相同之处
保函和备用信用证，虽然在定义的具体表述上有所不同，但总的说来，它们都是由银行或其他实力雄厚的非银行金融机构应某项交易合同项下的当事人（申请人）的请求或指示，向交易的另一方（受益人）出立的书面文件，承诺对提交的在表面上符合其条款规定的书面索赔声明或其它单据予以付款。保函与备用信用证的法律当事人基本相同，一般包括申请人、担保人或开证行（二者处于相同地位）、受益人。三者之间的法律关系是，申请人与担保人或开证行之间是契约关系，二者之间的权利义务关系是以开立保函申请书或开证行与受益人之间的法律关系则是以保函或备用信用证条款为准。
（二）应用上的相同之处
保函和备用信用证都是国际结算和担保的重要形式，在国际经贸往来中可发挥相同的作用，达到相同的目的。
在国际经贸交往中，交易当事人往往要求提供各种担保，以确保债项的履行，如招标交易中的投标担保，履约担保，设备贸易的预付款还款担保，质量或维修担保，国际技术贸易中的付款担保等，这些担保都可通过保函或备用信用证的形式实现。从备用信用证的产生看，它正是作为保函的替代方式而产生的，因此，它所达到的目的自然与保函有一致之处。实践的发展也正是如此。
（三）性质上的相同之处
国际经贸实践中的保函大多是见索即付保函，它吸收了信用证的特点，越来越向信用证靠近，使见索即付保函与备用信用证在性质上日趋相同。表现在：，担保人银行或开证行的担保或付款责任都是性的，虽然保函或备用信用证从用途上是发挥担保的作用，即当申请人不履行债项时，受益人可凭保函或备用信用证取得补偿，当申请人履行了其债项，受益人就不必要使用（备用信用证就是如此得名的）；第二，它们虽然是依据申请人与受益人订立的基础合同开立的，但一旦开立，则独立于基础合同；第三，它们是纯粹的单据交易，担保人或开证行对受益人的索赔要求是基于保函或备用信用证中的条款和规定的单据，即只凭单付款。因此，有人将保函称为“担保信用证”。
银行保函的办理流程：
1、填写开立保函申请书并签章；
2、提交保函的背景资料，相关的保函格式并加盖公章，企业近期财务报表和其它有关证明文件；
3、落实银行接受的担保；
4、由银行审核后对外开出保函。