北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所与医院主体并称“一院三所”，成为集医疗、教学、科研、预防、国际交流五位一体的医疗科研联合体。眼科、耳鼻咽喉科为教育部批准的国家临床重点学科，变态反应(鼻过敏)科为原国家卫生和计划生育委员会批准的国家临床重点专科，中医眼科学为国家中医药管理局批准的中医重点学科。首都医科大学北京眼科学院和耳鼻咽喉科学院设在院内。医院设有世界卫生组织防盲合作中心和世界卫生组织防聋合作中心，附设北京同仁眼库(国际眼库协会会员)。

1886年，清光绪十二年，美国基督教“卫理公会”的兰大夫、卫大夫在崇文门的孝顺胡同开办名为“同仁医院”的眼科诊所。

1899年，“卫理公会”的霍甫金斯·贺庆先生捐资教会在北京东交民巷东口(现北京同仁医院地址)使馆区内选定并购妥院址，开始筹备兴建工程。

1913年，医院在西山选定基地建造楼房，命名为“天然疗养院”，专门结核病。

1914年，医院南楼建成。同年，西病房楼落成。医院的病房设在西楼，分为三层，有眼科、内科和外科病房，眼科约占1/2。

1917年，医院北楼落成，贺庆院长得到了中华博医学会的资助，聘请美国医生潘提司先生来院工作，设立牙科。1918年与协和医院合办牙科专门医学校。

1918年，由于贺庆家族的捐资，新址落成后，英文名称改为“贺约翰氏捐建美以美会医院”。1927年贺庆大夫退职以后，医院英文名称再次更改为“贺氏纪念医院”。

1942年，日伪北京特别市公署卫生局接收同仁医院全部资产，日伪北京市卫生局将同仁医院改为“市立第二医院”，贺庆院长被迫离职。

1945年5月，医院又由日本“开发医疗组合”接管，改名为“开发医院”。

1945年11月14日，卫理公会会督江长川、美国代表白辅德致函北平卫生局，要求将医院收回管理。次年1月，卫理公会收回了医院，恢复使用同仁医院的名称。

1949年4月，在中共北京市委及市总工会的领导下，医院建立了工会。同年11月，建立了新民主主义青年团。

1952年7月，医院与北京市妇婴医院合并，更名为“北京市同仁医院”，增设了妇产科、小儿科。

1953年8月，北京市人民政府正式接管医院，更名为“北京市立同仁医院”。

1955年，医院更名为“北京市同仁医院”。

1958年10月，北京市政府决定将同仁医院的神经外科全部迁到以神经外科为中心的宣武医院。

1959年，眼科研究所成立，设有微生物、病理、生理研究室，罗宗贤教授任所长。

1966年，文化大革命开始后医院更名为“北京市工农兵医院”。

1979年，医院复名“北京市同仁医院”。

1994年，更名为“首都医科大学附属北京同仁医院”。

在临床相关研究方面，眼底专科开展了增生性玻璃体视网膜病变发病机制的研究，视网膜下人工假体植入技术及组织相容性研究，高度近视眼致病基因定位及蛋白质组学分析，黄斑营养不良的致病基因定位研究，年龄相关性黄斑变性发病危险因素和早期干预研究，以及眼病的流行病学研究等。持续不断的获得了多项及省部级课题经费的支持。发表了系列高质量研究论文，形成了同仁品牌效应和国际影响力。北京同仁医院眼底专科坚持以临床服务为根本，以科研创新为导向，医疗、教学、科研、预防发展的目标，推动了创新型的科学研究工作的持续开展和学科临床服务水平的不断提高。

在青光眼诊断技术和方法方面，我们拥有许多先进设备：3D频域OCT、海德堡视网膜断层扫描仪(HRT)、GDx视网膜神经纤维厚度测量仪、自动视野计、多焦VEP、眼底立体照相、全景超声生物显微镜(UBM)、前节OCT、巩膜上静脉压测量仪、回弹式眼压计、超声角膜测厚仪、YAG激光机、SLT激光机等各类青光眼诊疗设备二十余台，先进程度与国际医院保持同步。可对青光眼相关各项生理指标进行客观、定量的测量。自2009年设立了24小时眼压监测室，能够对青光眼患者眼压变化做出更加准确、的评价。