在无菌车间中，使空间内达到无菌要求，就是室内环境控制的重点。控制微生物的生长、杀灭或去除微生物的方法通常有两种，一种为化学类，另一种为物理类。其中，化学方法有化学剂、气化双氧水、臭氧和环氧乙烷等;物理方法有湿热或干热、辐射和过滤等。
无尘无菌车间内空气的流动有两种情况：一种是层流的(即室内一切悬浮粒子都保持在层流层中运动);另一种是非层流的(即室内空气的流动是紊流的)。装有一般空调系统的洁净室，室内空气的流动属于非层流(紊流)，既可使空气中夹带的混悬粒子迅速混合，也可使室内静止的微粒重新飞扬，部分空气还可出现停滞状态。
食品无尘无菌包装是指将经过后已获得商业无尘无菌状态的产品，封闭在已的容器中，在无尘无菌环境下灌注，灌装后包装容器保持密封以防止再度感染，以期在不加防腐剂、不经冷藏条件下得到较长的货架寿命的包装方法。
承接食品厂无菌车间工程，对超高温有蒸煮味的物料可采用高温短时，此种方法可较好保持产品的营养、风味，其典型应用是对牛乳制品的以及部份蔬菜制品。物料的冷方法是指根据不同场合各种剂或紫外线、辐射、微波照射等以达到目的。