科技档案是指企业在从事生产、科研、基建及管理活动中形成的有保存价值的科技文件材料。科技档案整理，要遵循科技文件材料的形成规律，保持其内在的有机联系，便于保管和利用。
要符合形成档案的企业科技活动的性质与特点，不能简单的一律采用一种分类模式，或机械的搬用别的单位和专业的分类方法。在一个企业内，应有一个综合的分类方案，分类标准要一致，力求简明，不宜层次太多。科技档案的分类方法基本的有以下几种：按工程项目分类，主要适用于基建档案。它是将一个单项工程的档案全部集中一起，便于成套地提供利用；按产品类型分类，主要适用于产品档案。它是在企业全部产品范围内，以各个独立的产品档案为基础，按产品型号逐级分类，便于按照不同型号的产品提供成套的科技档案。这种分类方法也适用于设备档案的分类；按科研课题分类，主要适合于科学技术研究档案。它是以一个科研课题为基础；按专业进行分类。它是根据科技档案的内容所反映的不同专业性质划分，主要用于专业化、标准化或通用化较强的科技档案。
科技档案目录是以卷、册为对象进行登记编制的，实际上是案卷的名册，其作用是固定科技档案的分类、排列顺序和位置，以便于统计、查找、利用。主要包括科技档案总目录、分类目录、底图目录和保管单位目录。科技档案总目录是科技档案登记总帐，也称流水帐。科技档案的分类目录，是严格按照科技档案分类、排列次序，对案卷进行登记的目录，是直接按照类别查找科技档案，为利用者提供服务的工具。档号主要包括分类号、案卷号。如设备档案中有档案为S.12-11的案卷。案卷题名应简明揭示卷内科技文件材料的内容。案卷题名的主要内容包括项目的名称、代号，针对部分内容，材料名称等。案卷可采用装订和不装订两种形式。无论采用哪种形式，科技文件材料都要折叠为统一的A4幅面，长期保存的案卷装订时要取掉金属物。案卷不装订时科技文件材料要按照卷内目录的编排次序排列有序，用件号章固定。